Da lì sono scattate le indagini della Polizia di Stato e i rilievi della Polizia Scientifica. Secondo una prima ricostruzione sulla dinamica, per penetrare nel giardino del museo i ladri potrebbero essersi introdotti passando attraverso le grate della recinzione che sporgono sul viale Annunziata: due delle sbarre in ferro sono state infatti trovate leggermente piegate, varco sufficiente per consentire il passaggio di una persona. I malviventi si sarebbero poi introdotti all'interno dell'edificio forzando una porta laterale, eludendo i sistemi di sicurezza e portandosi via preziose opere di Antonello da Messina:
Tre tavole su cinque del celebre Polittico di San Gregorio;
La tavoletta bifronte raffigurante la Madonna e Cristo in pietà, prelevata direttamente dall'interno di una teca blindata.
Sul posto è arrivato l'assessore alla Cultura del Comune di Messina, Enzo Caruso, che ha sottolineato come l'attenzione recente sul maestro del Rinascimento possa aver attirato la criminalità organizzata d'arte: "I riflettori accesi ultimamente con l'acquisto di un'opera di Antonello per 15 milioni di euro, l'Ecce Homo, sicuramente hanno destato l'interesse di tantissimi ladri d'arte. Inimmaginabile che una cosa del genere possa capitare a Messina", ha dichiarato l'assessore.
"È stato un colpo quasi da film, come quello al Louvre, inimmaginabile che possa capitare in città. Chiaramente ci vengono sottratte due delle opere più importanti che custodiamo nel nostro museo: nella città di Antonello una cosa del genere è una tragedia. Sono opere di valore inestimabile: già l'acquisto di un piccolo quadro è stato di 15 milioni di euro, immaginate il valore che possa avere il Polittico di San Gregorio. La cosa che mi stupisce è che non sono opere su tela che si possono avvolgere, ma su tavola. È un furto studiato da professionisti e mi auguro che in tempi brevi si possa intercettarli".
Dello stesso tenore la reazione della direttrice del Museo Regionale, Marisa Mercurio, che ha espresso profondo sgomento per l'accaduto: "Siamo sconvolti per quello che è accaduto, erano due delle opere più importanti e note di Antonello da Messina. Una grande perdita per il museo, per la città, la comunità e l'intero mondo dell'arte".
Sulla vicenda è intervenuto con fermezza anche il Ministro della Cultura, Alessandro Giuli: "Apprendo con sconcerto e dispiacere del furto avvenuto al Museo Regionale Interdisciplinare di Messina, dove sono state sottratte opere di straordinario valore per il nostro patrimonio culturale. Ho parlato con il sindaco di Messina, Federico Basile, al quale ho espresso la mia vicinanza alla città e all'intera comunità per quanto accaduto. Mi sono consultato subito con il Comando dei Carabinieri Tutela Patrimonio Culturale. Confido, come sempre, nell'operato delle forze di sicurezza, nel caso specifico della Polizia, cui sono affidate le indagini. Il ministero della Cultura assicura la massima disponibilità a collaborare con le autorità regionali, nel cui ambito ricade la gestione dei musei dell'Isola".
Gli investigatori della Polizia e la Scientifica stanno setacciando metro per metro l'area del museo e vagliando attentamente le immagini dei sistemi di videosorveglianza pubblici e privati della zona per ricostruire la via di fuga della banda e identificare i responsabili.
Dell'accaduto sono stati informati gli organi regionali competenti ed è già attivo il coordinamento con i reparti specializzati nella tutela del patrimonio culturale. Per consentire i rilievi e mettere in sicurezza la struttura, il museo rimarrà chiuso al pubblico.