I detective del virus: lungo le sue tracce per dargli un volto

L’Università degli Studi di Palermo, in collaborazione con il CNR, ha avviato uno studio sulla genetica del Coronavirus SARS-CoV-2 su pazienti COVID-19 della Sicilia Occidentale. Il progetto di ricerca sperimentale è finalizzato ad ottenere le sequenze del filamento di RNA (il codice genetico) del Coronavirus per evidenziare eventuali nuove mutazioni (alterazioni nel codice genetico).

Questa informazione - spiega il team di ricerca in cui sono impegnati in prima persona la professoressa Alessandra Casuccio, il professor Fabio Tramuto, il professor Carmelo Maida, il dottor Davide Vacca ed il dottor Antonino Fiannaca - potrebbe essere utile per definire le caratteristiche del virus presente nel territorio della Sicilia Occidentale, territorio a cui appartengono i pazienti oggetto di studio, e potrebbe aiutare a comprendere meglio l’iter di diffusione del contagio.

Il disegno sperimentale del progetto - sottolineano i ricercatori - prevede l'impiego di strumenti per il sequenziamento genico di nuova generazione (sequenziatori a nanopori), capaci di “leggere” le informazioni scritte nell’RNA del virus senza ricorrere a metodiche di manipolazione del campione che possano introdurre errori. Uno dei requisiti per ottenere risultati nel sequenziamento di materiale genetico è quello di arricchire il campione esaminato, come ponendolo sotto una lente d’ingrandimento.

Osservare attraverso una lente d’ingrandimento porta però ad una visione a volte alterata dell’oggetto d’indagine. Il vantaggio dell’approccio sperimentale che il team multidisciplinare sta tentando di applicare consentirebbe di avere una visione dell’oggetto d’indagine, il virus, nella sua forma nativa, non alterata da metodiche di arricchimento del campione.Questa osservazione “diretta” consentirebbe di avere una visione virtualmente priva di artefatti ma implica numerose difficoltà che derivano dalla esiguità dei campioni oggetto d’indagine.

Una volta ottenute le “letture” delle sequenze del materiale genetico del virus, sarà fondamentale il supporto dei professionisti bio-informatici che, applicando metodi di calcolo aiuteranno a discriminare le informazioni reali dal “rumore di fondo”. “Qualora si riuscisse ad identificare nuove mutazioni – spiega Claudio Tripodo, che coordina il laboratorio di Immunologia dei tumori - queste potrebbero essere utilizzate dal team di epidemiologi per comprendere la distribuzione di forme mutate del virus sul territorio ed identificare eventuali focolai caratterizzati da specifiche mutazioni del virus.

Naturalmente, ogni eventuale informazione ottenuta dal sequenziamento del materiale genetico, dalle analisi informatiche e dalle indagini epidemiologiche sarà globalmente condivisa con la comunità scientifica per opportune verifiche e validazioni. Lo studio – prosegue - nato in Accademia, una tra le tante iniziative scaturite dall’Università di Palermo in questo frangente di emergenza, è ancora nelle fasi iniziali in cui vengono messi a punto protocolli e delineati gli approcci all’analisi dei dati. La speranza – conclude Tripodo - è che le informazioni ottenute possano rappresentare un ulteriore tassello al mosaico della conoscenza su questa pandemia.”

Lo studio vede coinvolti il Laboratorio di Immunologia dei Tumori dell’Università degli Studi di Palermo coordinato da Tripodo, che ha ricevuto alcuni mesi fa dal Presidente della Repubbilca, Sergio Mattarella il premio “Beppe Della Porta” indetto dalla Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro, di concerto con l’Unità Operativa Complessa di Epidemiologia Clinica del Policlinico Universitario "Paolo Giaccone” coordinata dal profeessor Francesco Vitale e con l’Istituto di Calcolo e Reti ad Alte Prestazioni del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-ICAR) di Palermo, unità coordinata dal dottor Alfonso Maurizio Urso.